超级机器人大战J是GBA上的最后一款机战，画面上有了很大的进步。剧情故事也非常有新异，整体上说更适合新上手的玩家。

宇宙时代，[2] 人类的生活圈超越了地球周边宙域并拓展到火星一带。可是包括地球环境恶化等，好几个人类从以前就存在的问题至今也没有被解决：根据遗传基因调整被生出的新人类“新人类（CO）”的出现；屡次发生的地壳变动的原因，是在深海处被发现并命名为“オルファン”的异星文明遗迹；还有对火星的殖民。
人们对新的时代还是充满了期待，不过，太急剧的变化产生出对这一切的适应者和拒绝反抗的人。因为那个能力而被赶走到宇宙的新人类们建设了殖民卫星“プラント”。但是在新人类自身的统治下，害怕被分离的自然人反对プラント的独立，严重加深了与新人类之间的对立。还有就是“オルファン”不知不觉称中被自称为“リクレマ

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